吉尔罗伊要迈克尔帮他解救隐形航班上的神秘罪犯,并偷来了一架威力巨大的机枪。联邦调查局以证据不足为由,拒绝了迈克尔提出的调查和拘捕吉尔罗伊的请求,迈克尔只好继续与吉尔罗伊周旋。同时,绑架团伙老板加百列原是一位医生,家乡遭到美国芯片生产企业的污染,包括女儿在内的众多儿童受害身亡。
加百列一怒之下化身为复仇使者,绑架了该公司科研人员艾伦?金,希望能关闭工厂,拯救民众。菲奥娜应朋友之邀与加百列见面,为救出人质假意与加百列同流合污,并在山姆和迈克尔的配合下通过了加百列的数次考验。最终3个人救出人质艾伦?金,抓获了加百列,艾伦?金决定向媒体揭露工厂化学污染的罪行。
在吉尔罗伊的策划下,隐形航班平稳降落在郊外,然而当迈克尔来到指定接头地点时,却发现吉尔罗伊身中数枪,仅仅留下几句遗言后就被炸弹炸成了碎片。
隐形航班中的神秘囚犯名叫西蒙,原是神秘组织管理者手下的得力干将,由于生性不服管教,被组织关押起来。迈克尔作为组织认定的西蒙的继任者,不仅档案中被加上了西蒙所犯的种种恶行,同时被列入黑名单,蒙受着不白之冤。
此次西蒙花大价钱越狱出来,以炸毁酒店为威胁,希望用迈克尔做诱饵,诱捕管理者,找回自己过去的生活。迈克尔联系到管理者之后,表示希望共同抓捕西蒙归案。然而管理者对西蒙的轻视使自己落入了西蒙手中,迈克尔不惜驾车与西蒙相撞,并在管理者再次表示接纳自己入伙的时候手下留情,没有杀死坑害自己的西蒙,希望借此打入神秘组织内部。
同时,联邦调查局警探为抓捕迈克尔,对其母玛德琳威逼利诱,并最终在街头将迈克尔和西蒙捕获。然而不久之后,几个神秘人物将迈克尔领走,联邦调查局也对此无能为力。迈克尔经过几番周折,最终摘下头套时,发现自己坐在一个陌生的房间内,不知道自己将面对的是什么样的未来。(黑名单第三季大结局完)